En la matière, les deux textes de l’Union les plus importants sont les directives « Oiseaux » (1979) et « Habitats faune flore » (1992). Elles établissent la base réglementaire du grand réseau écologique européen. Les sites désignés au titre de ces deux directives forment le réseau Natura 2000.
La directive « Oiseaux » propose la conservation à long terme des espèces d’oiseaux sauvages de l’Union européenne en ciblant 181 espèces et sous-espèces menacées qui nécessitent une attention particulière. Plus de 3000 sites ont été classés par les Etats de l’Union en tant que Zones de Protection spéciales (ZSP). La directive « Habitats faune flore » établit un cadre pour les actions communautaires de conservation d’espèces de faune et de flore sauvages ainsi que de leur habitat. Cette directive répertorie plus de 200 types d’habitats naturels, 200 espèces animales et 500 espèces végétales présentant un intérêt communautaire et nécessitant une protection. Les Zones Spéciales de Conservation (ZSC), actuellement plus de 20000 pour 12% du territoire européen, permettent une protection de ces habitats et espèces menacées.
Ces 2 Directives proposent dans leurs annexes des listes d'espèces animales et végétales ainsi que des milieux naturels, dénommés Habitats d'intérêt communautaire.
La découverte d'une espèce ou d'un habitat appartenant à l'une de ces listes sur un territoire peut concourir à désigner un site Natura 2000.
Chaque procédure de désignation d'un site Natura 2000 commence par la réalisation d'inventaires scientifiques sur le terrain.
